高研院设立联席会作为决策机构和监督机构，联席会委员由5名成员组成。

高研院以联席会为领导和决策机构，负责研究策划高研院的发展方向、重点计划和任务等，主要职能是确定整体建设规划和发展方向、协调高研院与地方政府以及中科院有关部门的关系、对高研院建设和运行中需要解决的重大问题进行决策。理事会实行年度会议制度。联席会实行年度会议制度。特殊情况下，可由联席会主席临时召集，或由半数以上委员提议，联席会主席召集。需联席会决议的临时议项，联席会主席可采用通讯评议的方式进行。

高研院实行联席会领导下的院长负责制，院长领导全院工作，对联席会及举办单位负责。院长负责研究决定高研院内部管理机构的设置，决定整体经营计划和投资方案，制定年度财务预算方案、决算方案等事务；在此基础上，高研院设置有综合办公室、财务与资产管理部、平台技术支撑部、项目管理部、市场合作部等5个职能部门以及若干项目组。